Агенција за безбједност хране Босне и Херцеговине је самостална управна организација, основана Одлуком о оснивању Агенције за безбједност хране Босне и Херцеговине („Службени гласник БиХ“, број 22/05), а на основу Закона о храни („Службени гласник БиХ“, број 50/04).
Агенцијом за безбједност хране Босне и Херцеговине управља директор у сарадњи са замјеником директора и секретаром у складу са Законом и Правилником о унутрашњој организацији Агенције и другим општим актима. Директора и замјеника директора Агенције именује Савјет министара Босне и Херцеговине на приједлог предсједавајућег Савјета министара Босне и Херцеговине, у складу са Законом о државној служби у институцијама Босне и Херцеговине. Мандат директора и замјеника директора траје четири године с тим да на исту функцију могу бити именовани још један мандат.
Сједиште Агенције за безбједност хране Босне и Херцеговине је у Мостару, на адреси: Кнеза Вишеслава бб, 88000 Мостар, Босна и Херцеговина.