У биолошке опасности убрајамо одређене бактерије, вирусе, паразите, прионе, биотоксине и др.. Неке од ових опасности представљају озбиљан ризик за јавно здравље као што су Salmonella, Listeria monocytogenes, biotoksini или говеђа спонгиформна енцефалопатија (BSE).
Одредбама Закона о храни („Службени гласник БиХ“, број 50/04), утврђују се општи принципи о храни и храни за животиње уопште, те посебно здравствене исправности и квалитета хране и сточне хране у Босни и Херцеговини, Правилником о хигијени хране („Службени гласник БиХ“, број 4/13) прописују се проведбена правила које субјекти у пословању с храном морају испуњавати приликом примјене општих и посебних хигијенских захтјева, Правилником о микробиолошким критеријима за храну („Службени гласник БиХ“, бр. 11/13, 79/16 и 64/18 утврђују се микробиолошки критерији за одређене микроорганизме у храни као и проведбена правила које субјекти у пословању с храном морају испуњавати приликом примјене општих и посебних хигијенских захтјева у складу с чланом 5. Правилника о хигијени хране.
Најпознатије бактеријске врсте које доводе до обољења су: Salmonella spp., Campylobacter spp, Escherichia colli и др.
Salmonella spp је бактерија присутна у цријевима животиња а на људе се преноси храном животињског поријекла (јаја, млијеко, све врсте меса) или биљног поријекла уколико је на површини загађена овом бактеријом. Болест коју узрокује зове се салмонелоза а очитује се високом температуром, прољевом и грчевима.
Campylobacter у свијету је најчешћи узрочник прољева. Ова бактерија живи у цријевима здравих птица тако да већина сирове перади на својој површини има кампилобактер. Конзумирањем недовољно термички обрађене хране и животињског и биљног поријекла долази до инфекције и развоја болести која је попраћена високом температуром, прољевом и абдоминалним грчевима.
Е. coli је велика група бактерија од којих неке узрокују прољеве док су друге безопасне или узрокују болести мокраћног и дишног тракта. Може их се наћи у околишу, храни и цријевима људи и животиња. Човјек се зарази конзумацијом загађене хране, сировог млијека, воде која није дезинфицирана.
Најчешћи вирусни узрочници алиментарних инфекција су: Norovirus, Hepatitis virus A, Hepatitis B, Rotavirus, Enterovirus и др..
Norovirusi врло често узрокују тровање храном но ријетко су дијагностицирани јер тестови за микробиолошку потврду нису широко доступни. Ови вируси се преносе са болесне особе на здраву контактом, преко загађених предмета, хране и воде. Клиничком сликом доминира повраћање. С обзиром да су храна и вода медији којима се преносе ови узрочници особито је важно пазити на њихову хигијену у цијелом ланцу од производње преко прераде до складиштења.
Најзначајнији паразитарни узрочници алиментарних инфекција су: Echinococcus granulosus, Trichinella spp., Entamoeba histolitica, Fasciola hepatica и др.. Trichinella spp. је паразит који узрокује обољење које се назива Трихинелоза. До обољења долази након уноса сировог или недовољно печеног меса зараженог Трицхинелом. Трихинелозу узрокују обле глистице из рода Трицхинелла, од којих се код људи далеко најчешће проналази Трицхинелла спиралис. Трихинелоза спада међу зоонозе, тј. заразне болести које су заједничке људима и неким животињама, а могу прелазити са животиња на људе и обрнуто. За човјека је најважнија карика у преносу болести домаћа свиња.
У складу са својим надлежностима прописаним Законом о храни, Агенција у сарадњи са надлежним органима БиХ, ентитета и Брчко дистрикта БиХ те лабораторија из области јавног здравства, ветеринарског, пољопривредног сектора, обрађује и евалуира податке који дају преглед резултата лабораторијских анализа хране, епидемиолошких података о обољењима чији је пут преноса храна, података о пријављеним случајевима зооноза и служе у сврху процјене ризика и праћења трендова у области сигурности хране. Наведени подаци се објављују једном годишње у Извјештају из области безбједности хране у Босни и Херцеговини и исти је доступан на службеној страници Агенције.
Антимикробна резистенција (АМР)
Антимикробна резистенција (АМР) је способност микроорганизама да развију отпорност на антимикробне лијекове који су се до тада користили у лијечењу инфекција које такви микроорганизми узрокују. Због развоја АМР-а се често у лијечењу користе скупи, мање доступни, неријетко и економски неодрживи лијекови, а понекад и не постоји терапијско рјешење због појаве бактерија резистентних на све постојеће антибиотике. Разлог све већег броја мултирезистентних микроорганизама, иако не једини, је у све већој и некритичној употреби антибиотика, чиме бактерије развијају отпорност, тј. заобилазе начине дјеловања лијекова.
Рјешење за проблем антимикробне резистенције могућ је једино уз „ONE HEALTH“ мултисекторални приступ који укључује стручњаке различитих профила. С тим у вези Агенција за безбједност хране Босне и Херцеговине у сарадњи са надлежним органима из јавног здравља и ветеринарског сектора учествује у развоју система за превенцију и контролу антимикробне резистенције у Босни и Херцеговини.