Систем финансијског управљања и контроле у Агенцији за безбједност хране Босне и Херцеговине у цијелости је имплементиран у складу са Законом о финансирању институција Босне и Херцеговине, Приручником за финансијско управљање и контролу и Смјерницама за провођење процеса управљања ризицима у институцијама Босне и Херцеговине. Агенција је сачинила попис и мапирање пословних процеса, утврдила и процијенила ризике и израдила регистар ризика. Пословни процеси и регистар ризика благовремено се ажурирају.
Агенција је сачинила Књигу/Мапу пословних процеса у Агенцији, која је припремљена с циљем да се у једном документу обједине сви раније документовани пословни процеси у Агенцији, са урађеним дијаграмима тока за исте а сходно наведеним активностима пословним процесима.
У Књизи/Мапи пословних процеса обједињене су, урађене активности Агенције, из области финансијског управљања и контрола, с циљем да се у једном документу на једноставан начин да увид у успоставу и функционисање наведеног система у Агенцији.
У складу са Законом о финансирању институција Босне и Херцеговине и Правилником о годишњем извјештавању о систему финансисјког управљања и контрола у институцијама Босне и Херцеговине, Агенција благовремено попуњава образац Годишњег извјештаја о финансијском управљању и контроли и благовремено исти доставља Централној хармонизацијској јединици Министарства финансија и трезора Босне и Херцеговине.
Агенција је узета као примјер и пилот институција која је успоставила систем финансијског управљања и контрола, од Централне хармонизацијске јединице Министарства финансија и трезора Босне и Херцеговине, те су представници Агенције представили своје примјере успоставе система финансијског управљања и контрола на обукама које је организовала Централна хармонизацијска јединица.
