Sustav financijskog upravljanja i kontrole u Agenciji za sigurnost hrane Bosne i Hercegovine u cijelosti je implementiran sukladno Zakonu o financiranju institucija Bosne i Hercegovine, Priručnikom za financijsko upravljanje i kontrolu i Smjernicama za provođenje procesa upravljanja rizicima u institucijama Bosne i Hercegovine. Agencija je sačinila popis i mapiranje poslovnih procesa, utvrdila i procijenila rizike i izradila registar rizika. Poslovni procesi i registar rizika blagovremeno se ažuriraju.
Agencija je sačinila Knjigu/Mapu poslovnih procesa u Agenciji, koja je pripremljena s ciljem da se u jednom dokumentu objedine svi ranije dokumentovani poslovni procesi u Agenciji, sa urađenim dijagramima toka za iste a shodno navedenim aktivnostima poslovnim procesima.
U Knjizi/Mapi poslovnih procesa objedinjene su, urađene aktivnosti Agencije, iz oblasti financijskog upravljanja i kontrola, s ciljem da se u jednom dokumentu na jednostavan način da uvid u uspostavu i funkcioniranje navedenog sustava u Agenciji.
Sukladno Zakonu o financiranju institucija Bosne i Hercegovine i Pravilnikom o godišnjem izvješćavanju o sustavu financisjkog upravljanja i kontrola u institucijama Bosne i Hercegovine, Agencija blagovremeno popunjava obrazac Godišnjeg izvješća o finansijskom upravljanju i kontroli i blagovremeno isti dostavlja Centralnoj harmonizacijskoj jedinici Ministarstva financija i trezora Bosne i Hercegovine.
Agencija je uzeta kao primjer i pilot institucija koja je uspostavila sustav finansijskog upravljanja i kontrola, od Centralne harmonizacijske jedinice Ministarstva financija i trezora Bosne i Hercegovine, te su predstavnici Agencije predstavili svoje primjere uspostave sustava financijskog upravljanja i kontrola na obukama koje je organizovala Centralna harmonizacijska jedinica.
