Agencija za sigurnost hrane Bosne i Hercegovine ima Znanstveni vijeće i znanstvene odbore kao stručna tijela za utvrđivanje znanstvenih mišljenja u okviru djelokruga rada Agencije.
Znanstvena mišljenja izrađuju se na temelju rezultata istraživanja, studija, monitoringa, izvješća, rezultata javnih rasprava te dostupne znanstvene i stručne literature.
Znanstveno vijeće je odgovoran za opću koordinaciju potrebnu za osiguranje dosljednosti postupka donošenja znanstvenog mišljenja, posebno u pogledu usvajanja postupaka rada i usklađivanja metodologije rada.
Znanstveno vijeće daje mišljenja o interdisciplinarnim pitanjima, koja spadaju u mjerodavnost više znanstvenih odbora i o pitanjima koja ne spadaju u mjerodavnost niti jednog znanstvenog odbora.
Znanstveno vijeće sastavljeno je od predsjednika Znanstvenih odbora i tri nezavisna stručnjaka koji ne pripadaju ni jednom Znanstvenom odboru.