Znanstveni odbori sastavljeni su od nezavisnih stručnjaka iz sljedećih oblasti:
- prirodnih nauka (polje: biologija i kemija),
- biomedicine i zdravstva (polje: veterinarska medicina, javno zdravstvo i zdravstvena zaštita, osnovne medicinske nauke),
- biotehničkih nauka (polje: prehrambena tehnologija, biotehnologija, poljoprivreda) i
- stručnjaka iz drugih relevantnih oblasti.
Znanstveni odbor može imati najmanje pet članova.
Agencija ima sljedeće Znanstvene odbore:
- Znanstveni odbor za kemijske opasnosti,
- Znanstveni odbor za biološke opasnosti,
- Znanstveni odbor za prehranu, alergene, novu hranu i hranu za posebne prehrambene potrebe,
- Znanstveni odbor za pesticide, prehrambene aditive, arome i enzime,
- Znanstveni odbor za hranu za životinje, zdravlje i dobrobit životinja.
U slučaju potrebe, Upravni odbor može na prijedlog ravnatelja odrediti i druge Znanstvene odbore.
Postupak i način rada Znanstvenog vijeća i Znanstvenih odbora urediće se Poslovnikom o radu Znanstvenog vijeća i Znanstvenog odbora.
Članovi Znanstvenih odbora imenuju se sukladno općim i posebnim kriterijima i po postupku izbora kandidata za članove Znanstvenih odbora Agencije, koji donosi Upravni odbor na prijedlog ravnatelja Agencije.
Članove Znanstvenih odbora i članove Znanstvenog vijeća koji nisu članovi Znanstvenih odbora imenuje ravnatelj uz suglasnost Upravnog odbora.
Mandat članova Znanstvenog vijeća i Znanstvenih odbora je tri godine i može se jednom obnoviti.
Znanstveno vijeće i Znanstveni odbori biraju među svojim članovima predsjednika i zamjenika predsjednika.
Znanstveno vijeće i Znanstveni odbori donose odluke temeljem većine glasova svojih članova, a izdvojeno mišljenje se posebno bilježi.
Znanstveno vijeće može, po zahtijevu Znanstvenog odbora, formirati Radnu grupu za određena pitanja u slučaju kada je za određena pitanja u radu Znanstvenog odbora potrebna stručna pomoć. Članovi Radne grupe biraju se iz on line baze stručnjaka koju vodi Agencija.
Službenici Agencije mogu na poziv predsjednika prisustvovati sjednicama Znanstvenog vijeća, znanstvenih odbora i njihovih radnih grupa.
Službenici Agencije mogu na poziv predsjednika Znanstvenog vijeće i/ili Znanstvenog odbora, a uz suglasnost ravnatelja, učestvovati u izradi znanstvenih mišljenja.
Administrativno-tehničke poslove za Znanstveno vijeće i Znanstvene odbore obavlja Agencija.
