Agencija za sigurnost hrane Bosne i Hercegovine je samostalna upravna organizacija, utemeljena Odlukom o osnutku Agencije za sigurnost hrane Bosne i Hercegovine („Službeni glasnik BiH“, broj 22/05), a temeljem Zakona o hrani („Službeni glasnik BiH“, broj 50/04).
Agencijom za sigurnost hrane Bosne i Hercegovine upravlja ravnatelj u suradnji sa zamjenikom ravnatelja i tajnikom sukladno sa Zakonom i Pravilnikom o unutrarnjem ustroju Agencije i drugim općtim aktima. Ravnatelja i zamjenika ravnatelja Agencije imenuje Vijeće ministara Bosne i Hercegovine na prijedlog predsjedaatelja Vijeća ministara Bosne i Hercegovine, sukladno sa Zakonom o državnoj službi u institucijama Bosne i Hercegovine. Mandat ravnatelja i zamjenika ravnatelja traje četiri godine s tim da na istu funkciju mogu biti imenovani još jedan mandat.
Sjedište Agencije za sigurnost hrane Bosne i Hercegovine je u Mostaru, na adresi: Kneza Višeslava bb, 88000 Mostar, Bosna i Hercegovina.
