Agencija za sigurnost hrane Bosne i Hercegovine ima Naučni vijeće i naučne odbore kao stručna tijela za utvrđivanje naučnih mišljenja u okviru djelokruga rada Agencije.
Naučna mišljenja izrađuju se na osnovu rezultata istraživanja, studija, monitoringa, izvještaja, rezultata javnih rasprava te dostupne naučne i stručne literature.
Naučno vijeće je odgovoran za opštu koordinaciju potrebnu za osiguranje dosljednosti postupka donošenja naučnog mišljenja, posebno u pogledu usvajanja postupaka rada i usklađivanja metodologije rada.
Naučno vijeće daje mišljenja o interdisciplinarnim pitanjima, koja spadaju u nadležnost više Naučnih odbora i o pitanjima koja ne spadaju u nadležnost niti jednog Naučnog odbora.
Naučno vijeće sastavljeno je od predsjednika Naučnih odbora i tri nezavisna stručnjaka koji ne pripadaju ni jednom Naučnom odboru.