Naučni odbori sastavljeni su od nezavisnih stručnjaka iz sljedećih oblasti:
- prirodnih nauka (polje: biologija i hemija),
- biomedicine i zdravstva (polje: veterinarska medicina, javno zdravstvo i zdravstvena zaštita, osnovne medicinske nauke),
- biotehničkih nauka (polje: prehrambena tehnologija, biotehnologija, poljoprivreda) i
- stručnjaka iz drugih relevantnih oblasti.
Naučni odbor može imati najmanje pet članova.
Agencija ima sljedeće Naučne odbore:
- Naučni odbor za hemijske opasnosti,
- Naučni odbor za biološke opasnosti,
- Naučni odbor za prehranu, alergene, novu hranu i hranu za posebne prehrambene potrebe,
- Naučni odbor za pesticide, prehrambene aditive, arome i enzime,
- Naučni odbor za hranu za životinje, zdravlje i dobrobit životinja.
U slučaju potrebe, Upravni odbor može na prijedlog direktora odrediti i druge Naučne odbore.
Postupak i način rada Naučnog vijeća i Naučnih odbora urediće se Poslovnikom o radu Naučnog vijeća i Naučnog odbora.
Članovi Naučnih odbora imenuju se u skladu s općim i posebnim kriterijima i po postupku izbora kandidata za članove Naučnih odbora Agencije, koji donosi Upravni odbor na prijedlog direktora Agencije.
Članove Naučnih odbora i članove Naučnog vijeća koji nisu članovi Naučnih odbora imenuje direktor uz saglasnost Upravnog odbora.
Mandat članova Naučnog vijeća i Naučnih odbora je tri godine i može se jednom obnoviti.
Naučno vijeće i Naučni odbori biraju među svojim članovima predsjednika i zamjenika predsjednika.
Naučno vijeće i Naučni odbori donose odluke na osnovu većine glasova svojih članova, a izdvojeno mišljenje se posebno bilježi.
Naučno vijeće može, po zahtijevu Naučnog odbora, formirati Radnu grupu za određena pitanja u slučaju kada je za određena pitanja u radu Naučnog odbora potrebna stručna pomoć. Članovi Radne grupe biraju se iz on line baze stručnjaka koju vodi Agencija.
Službenici Agencije mogu na poziv predsjednika prisustvovati sjednicama Naučnog vijeća, naučnih odbora i njihovih radnih grupa.
Službenici Agencije mogu na poziv predsjednika Naučnog vijeće i/ili Naučnog odbora, a uz saglasnost direktora, učestvovati u izradi naučnih mišljenja.
Administrativno-tehničke poslove za Naučno vijeće i Naučne odbore obavlja Agencija.
